В аптеке РКБ внедрена система внутреннего контроля качества и управления рисками, обеспечивающие качество лекарственных средств и медицинских изделий на всех этапах их оборота: приемка, хранение, выявление недоброкачественных и фальсифицированных лекарственных средств и медицинских изделий.
Специалисты аптеки осуществляют контроль за хранением лекарственных препаратов в отделениях РКБ, входят в состав рабочих групп по разделам «Лекарственная безопасность».